这组词都有“致病的微生物”的意思，其区别是：
bacteria: (系bacterium的复数形式)，泛指任何在动植物体中广泛传播的微生物细菌，其中有的对生命体无害，有的能导致传染病或严重疾病，如天花、霍乱等。
germ: 微生物的俗称，专指引起人体生命的病菌。
virus: 技术用语，特指病毒或过滤性病原体。
bug: 非正式用词，指细菌或由病毒所引起的传染病。
microbe: 本义指在显微镜下才能见到的微生物，现在多指引起疾病的细菌。
这组词都有“保护、掩蔽(部)、庇护(所)”的意思，其区别是：
refuge: 指避免危险或灾难的安全场所。
protection: 普通用词，指任何保护物。
shelter: 多指暂时性的防护，侧重场所。