这组词都有“致病的微生物”的意思，其区别是：
bacteria: (系bacterium的复数形式)，泛指任何在动植物体中广泛传播的微生物细菌，其中有的对生命体无害，有的能导致传染病或严重疾病，如天花、霍乱等。
germ: 微生物的俗称，专指引起人体生命的病菌。
virus: 技术用语，特指病毒或过滤性病原体。
bug: 非正式用词，指细菌或由病毒所引起的传染病。
microbe: 本义指在显微镜下才能见到的微生物，现在多指引起疾病的细菌。
这组词都有“起源，起因，根源”的意思，其区别是：
source: 本义指某地系河流或瀑布的源头，引申指某事的来源出处，但更多指抽象事物的根源或来源。
root: 通常指事物产生的原因或根源。
origin: 侧重指事物的起源或由来，也指人的出身。